Década 1940-1949
La década dorada del Motagua. Así se resumen diez años de éxitos merecidos y apenas un solo fracaso en 1949; de un fútbol de toque y fantasía, con una, congregación de los mejores futbolistas que fueron y siguen siendo historia en el fútbol hondureño.
Mucho se ha escrito, historias de domingos, de hazañas con sudor y lágrimas, juramentos de amor y lealtad a una camiseta, momentos sin duda memorables como la goleada en el año 1945 del Motagua 5-0 a su rival Olimpia, con tres anotaciones de Raúl "Joyo Chete" Barahona. Esa época reunió a los mejores jugadores del equipo y del fútbol hondureño. Cómo olvidar un Armando "Majoncho" Sosa, jugador fuera de serie. Junto a él destacaron los hermanos Ernesto y Daniel Matamoros Carrasco y Enrique Miselem, coincidentemente este trío se convirtió con el paso del tiempo en dirigentes del club. Incluso, Miselem fue la persona que le gritó al entrenador Carlos Padilla Velásquez que metiera de cambio a Pedro Colón, quien se convertiría con su gol en el héroe de la final de 1970-1971.
En esta década, Motagua no tenía rivales y por esto el fútbol perdió importancia, despertando el interés por el béisbol, obligando a reducir la competencia y los futbolistas se van a jugar pelota chica. Y es así como Zacarías Arzú fue seleccionado en ambos deportes y en la inauguración del Estadio Nacional, por la mañana conectó un cuadrangular a la novena de Cuba y por la tarde marcó un gol a la selección de Costa Rica.
"Majoncho" Sosa se aburrió de jugar béisbol y se marchó a la zona norte para jugar fútbol, encontrando cabida en el Hércules de San Pedro Sula y posteriormente en el Aduana de Tela.-Regresó a la capital hasta que el fútbol empezaba a ser competitivo, jugando nuevamente para Motagua, además de una temporada con Olimpia. "Joyo Chele" fue fiel al azul, prefirió seguir jugando béisbol, mostrando sus cualidades como receptor y después regresó a pegarle al balón para convertirse en el mejor jugador de la historia del fútbol hondureño.
En el año 1942 también se recuerda la destacada participación del Motagua en la Feria Juniana, goleando 3-1 al Aduana y posteriormente 7-0 al Marathón. Esa tarde el equipo dirigido por Manuel Bonilla Rodríguez alineó a Emilio Chávez en el marco; Napki y Toñón Flores en defensa, Vica Silva, "Gorra" Raudales y Napoleón Hidalgo en la mediacancha y en el ataque Alberto "Barril" Medina, "Joyo Chele" Barahona, "Polaco" Barahona, "Gorgojo" Reina, "Majoncho" Sosa y Zacarías Arzú, con cuatro anotaciones de "Majoncho", dos de Zacarías Arzú y otra de Alberto Medina.
En la temporada 1945, quien sería después uno de los grandes dirigentes del Motagua, Pedro Átala Simón participaba con el club alternando con Juan Andino Matamoros, Zacarías Arzú, Rigoberto "Coyote" Castro.
Primer campeonato nacional

El martes 26 de octubre de 1948 es una fecha inolvidable en la historia del Motagua. Ganó el primer campeonato nacional al vencer en la final al Victoria, rival que un año antes le arrebató el primer campeonato organizado por la Federación Deportiva de Honduras. Los monaguenses dirigidos por Matías Shustan disputaron tres partidos, el primero el 20 de septiembre empatando 0-0, cinco días más tarde el segundo que igualaron 2-2 con anotaciones de Zacarías Arzú y Rigoberto "Coyote" Castro. Ambos empates obligaron un tercer juego, que se definió en tiempo extra y Motagua ganó 3-2 con goles de Rigoberto "Coyote" Castro (2) y Trinidad "Empanada" Palencia.
Esa tarde gloriosa el equipo mimado salió con Conrado Navarro, Alonso Laitano, Dacarett, "Chon" Carbajal, Ramiro Godoy, "Joyo Chele" Barahona, Michel Fúnez, Trinidad Castro, Amado Baños, Carlos Duron y Secundino Valladares.


Hay que resaltar que el presidente de la República, Tiburcio Carias Andino dio asueto a sus funcionarios que le acompañaran para ver el partido, incluso, ordenó entrada gratis, llenándose el estadio Nacional y al final todo fue celebración porque Motagua ganaba por primera vez la Copa Churchill, donada por la Asociación de Londres.